وقد كتب الآخوند رحمه الله أكثر هذه الكتب والحواشي في العقد الثالث والرابع من عمره الشريف ، وتعتبر مع ذلك من أفضل المصنّفات والحواشي في بابها بدليل أنها حظيت بأكبر قسط من اهتمام العلماء والمحققين فتناولوها بالشرح والتعليق واتّخذوها مداراً للارجاع والمطالعة أكثر من غيرها . وها نحن نورد هنا أسماء مصنّفاته مع الإشارة إِلى بعض الملاحظات المرتبطة بها . آثاره الأصولية والفقهية والفلسفية أمّا مصنّفاته في علم الأصول فهي 1 . حاشية على « رسائل » الشيخ الأنصاري . وهي الحاشية القديمة على تأليف أستاذه الأكبر وتعتبر من أدقّ الحواشي على هذا الكتاب ، وقد كتبها وهو في الثامنة والعشرين من عمره . 2 . حاشية أخرى على « رسائل » الشيخ الأنصاري وهي المسماة ب « درر الفوائد » . وقد بدأ بكتابتها منذ كان في السادسة والثلاثين من عمره ، وانتهى منها بعد عدّة سنوات ، وعلى وجه التحديد في عام 1295 ه . وقد طبعت مراراً . 3 . رسائل « فوائد الأصول » . الّفت في عام 1301 ه ، وتحتوي على خمسة عشر فائدة في الأصول ، وقد كتبت بعد الحاشية على الرسائل ، وطبعت مع الحاشية وبدونها مراراً ، وطبعت عام 1407 ه أيضاً . 4 . رسالة حواشي الظن . 1302 ه . 5 . رسالة حواشي القطع . 1315 ه . 6 . رسالة حواشي الاستصحاب . غير مورّخة . 7 . كفاية الأصول . وهو أشهر كتبه ، وقد فرغ من تأليفه عام 1291 ه . 8 . رسالة في المشتق .